Дефис и тире выравниваются по оптической середине строчных символов, так как тексты чаще набирают именно ими. Иногда добавляют альтернативы для заглавных. Если в шрифте только заглавные символы, то выравнивать нужно по ним. Знак минуса, наоборот, выравнивается по заглавным, то есть по высоте цифр.